故事发生在1834年的江户时代。在那个年代，老中水野忠邦推行财政紧缩政策，导致普通百姓生活在极度贫困之中。国内政府的高压统治加上外来殖民者入侵的威胁，使得整个江户城内弥漫着一种不安的气息。在这个不为世人所知的秘密地下世界里，隐藏着一个名为“蛮社改所”的神秘神社。表面上它是一个研究西方学术文化的机构，但实际上则是负责秘密对付各国潜入日本的“妖夷”，并将其秘密消除的地方政府隐蔽机关。这一组织的最高领导者是小笠原放三郎，他是一位醉心于“兰学”（即学习西方科学知识）并致力于证明其实际应用价值的学者。尽管小笠原本身没有超群的武艺，但他与龙导往压等拥有独特能力的“妖奇士”们一起承担着暗中保护江户安全的任务。这些妖奇士能够利用汉字中的神秘力量——汉神，将其中蕴含的力量具现化，从而应对各种危机。在这动荡不安的时代背景下，“蛮社改所”的成员们不断与各种威胁进行斗争，维护着江户的和平与安宁。他们之间的合作与冒险成为了这个秘密组织最精彩的部分。
