《甜心格格第二季》的故事延续了前一季的温馨与幽默。在一次皇家出巡中，皇太子偶遇并邂逅了一位普通的民间女子。两人之间的缘分导致这位女子为皇太子诞下一女，取名丝丝。不幸的是，在一次盗贼作乱中，皇太子失散了母女二人。数年后，皇太子登基成为皇上，并最终找到了失散多年的女儿甜丝丝。由于在民间成长多年，丝丝的性格变得顽皮且爱捣蛋，这给原本庄严肃穆的皇宫带来了许多欢乐与困扰。为使丝丝能够适应格格的身份和礼仪要求，皇上下令将她送入尚书房进行严格的学习。在此过程中，丝丝结识了两位新朋友：班长柔柔，温文尔雅、知书达理；还有来自西洋归来的华伦，他风趣幽默，给丝丝的生活增添了更多色彩。同时，丝丝还和另一位好友白米饭建立了深厚的友谊。在尚书房里，丝丝不仅要面对学习上的挑战，还要应对大臣们的种种刁难与嘲讽。特别是讨厌小朋友的王坤大人，常常成为她的对手。而在此期间，丝丝凭借自己的聪明才智和乐观态度，不仅化解了许多危机，还为皇宫带来了许多欢笑。《甜心格格第二季》通过这些有趣的故事，传递了成长、友谊以及勇气等美好主题。
