在纪念《游戏王》系列漫画连载二十周年之际，《游戏王：次元的黑暗面》作为一部特别动画电影隆重登场。在经历了无数试炼之后，主人公武藤游戏终于与他内心的另一人格“暗游戏”进行了最终对决，并取得了胜利。尽管两人达成了正式的诀别，但他们分别踏上了新的旅程。一段时间后，他们似乎已经习惯了平凡的生活。然而，这时一名自称蓝神的神秘少年突然出现，打破了平静。与此同时，在暗游戏消失的地方，曾经将暗游戏视为强劲对手的海马濑人，意外发现了一块名为“千年积木”的古老遗迹，并决定将其重新完成，企图再次复活暗游戏。这一行动不仅引发了新的冒险，还牵扯到一系列复杂的人际关系和对过去事件的新解读。随着剧情的发展，原本平静的生活被彻底打破，武藤游戏、海马濑人以及蓝神之间的纠葛逐渐浮出水面，一场跨越次元的较量一触即发。这次电影不仅为粉丝们带来了熟悉的角色回归，还加入了全新的角色与故事情节，使得整个故事更加丰富和引人入胜。
