《精灵宝可梦第二季超世代》的故事从少年小智与他的伙伴皮卡丘的相遇和冒险开始。在结束了在成都地区的神奇旅程后，小智带着他最初获得的神奇宝贝——皮卡丘踏上了前往芳缘地方的新征程。然而，在旅途中，皮卡丘不幸被火箭队袭击，变得异常奇怪。这突如其来的变故不仅让小智陷入了危机，也让他的冒险之旅充满了未知与挑战。在这一季中，除了小智和皮卡丘的相伴相随外，还迎来了新加入的小遥——一位对神奇宝贝充满热情的新伙伴，以及她弟弟小胜，这位总是给予小智支持的小粉丝。他们一起在芳缘地方探索、学习神奇宝贝的知识，并且前往对战开拓区挑战未知。在这段旅程中，小智不仅要与各种神奇宝贝建立深厚的情感联系，还要面对火箭队的威胁和其他竞争对手的挑战。这不仅是一场关于友情和勇气的成长故事，更是一次对神奇宝贝世界的深入探索。在旅途中，他们将遇到许多新朋友，学习如何更好地理解和训练神奇宝贝，共同克服难关，最终成为更加出色的宝可梦训练师。
