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在2044年的纽约市，大反派朗格与外星恶势力联手，企图毁灭地球。通过一个神秘的传送门，大量外星人侵入城市，将其夷为平地。尽管忍者神龟们奋力抵抗，但依然损失惨重。为了扭转乾坤，他们决定回到过去时空，找到开启传送门的关键——希望之钥，从而阻止朗格的邪恶计划，恢复世界的和平。在这场艰巨的任务中，李奥纳多的弟子凯西肩负起了重任，他穿越时间回到1984年，与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头。在未来的神龟们和过去的同伴们汇聚一堂之后，他们展开了拯救世界的行动。李奥纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳太罗四位忍者神龟各显神通，共同对抗外星入侵者。面对强大的敌人，四位神龟兄弟决心用他们的智慧与勇气保护人类免受这场浩劫。最终，“我们的未来，我们自己做主”的信念激励着他们向朗格发起了终极挑战，誓要为地球的明天而战，守护每一个生命的希望。
