《黑客帝国动画版》由9段精彩短片组成，每个故事都以《黑客帝国》系列电影世界观为基础展开，展现了不同的角度与风格。这些短片汇聚了日本、美国和韩国三地的动画精英共同创作。其中，《机器复兴》讲述了矩阵的历史，揭示机器人如何不堪人类虐待而反抗，并最终将人类转化为能源的过程；《少年故事》描绘了一个少年突然收到网络召唤，随后大批黑衣人开始围捕他的紧张情境。在《虚拟程序》中，一对男女经历着一段发生在虚拟训练程序中的冒险。《世界纪录》则聚焦于一位短跑运动员，在接近突破人类极限时被系统牢牢控制的故事；而《超越极限》讲述了由于系统错误，平静街区意外出现一片超常区域的奇事。侦探在《侦探故事》中努力摆脱系统的束缚，并试图揭开背后的真相；在《矩阵化》里，一只机器人被人类捕获并驯化的命运引人深思。最后，《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的悲壮瞬间，描绘了这场战斗中的英勇与牺牲。这些短片不仅丰富了黑客帝国的世界观，也为观众带来了全新的体验。
