《飞天小女警 第二季》的故事背景设置在美国的一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市。这里居住着三位超级英雄——飞天小女警，她们分别是红粉佳人、金发娇娃和蓝莓小姐。这些勇敢的少女不仅能够飞翔于蓝天之上，还拥有各种超能力，如力量、速度、隐身等，专门保护城市免受犯罪分子和怪兽的侵害。无论是在银行抢案中拯救市民，还是在火场救援时勇救他人；从对抗邪恶势力到制服凶恶的怪兽，飞天小女警们总是毫不犹豫地站出来维护正义。每当发生紧急事件时，市长都会拨打她们专属的热线电话通知她们，并且他们通常会接到市政厅、小橡树幼稚园或基妮老师家里的分机。而这些英雄们总是毫不留情地制服坏人并将他们关进牢房或是交给警方处理。每个故事结束时都会出现不同的结尾画面和语句，以表彰飞天小女警的英勇行为，鼓励观众们善用自己内心的力量来面对生活中的挑战。结尾语通常会是：“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”这样的结尾不仅为每一集画上了圆满的句号，更向观众传递了“每个人都有好的本性和坏的本性，关键在于如何选择”的深刻道理。
