2008年版的《忍者神龟 第五季》，主要讲述的是四只忍者神龟——莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和Donatello，以及他们的义妹April O’Neil、宠物老鼠小斯普林特在纽约市中与邪恶势力作斗争的故事。这一季的剧情更加紧凑，战斗场面更为激烈，并且增加了不少新角色。本季度的一个主要故事线是：四只忍者神龟必须面对一个企图统治世界的反派组织——“影子手”，这个组织的背后主谋是一位名叫维克多·斯内普的前忍者，他利用高科技武器和机器人进行犯罪活动。在这个过程中，莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗、Donatello需要团结一致，利用各自的特殊技能来对抗敌人。此外，在这一季中还加入了更多关于神龟家族历史的背景故事，让观众更深入地了解忍者神龟的世界观，同时增加了与April O’Neil之间的互动和情感发展。这些丰富的情节使得整个系列更加引人入胜，深受观众喜爱。
