在已几乎被探索殆尽的世界里，名为“深渊”的巨大垂直洞穴成为最后的秘境。在这个深不见底、充满未知的洞穴中，不仅栖息着各种奇特生物，还隐藏着人类至今无法造就的珍贵遗物。“深渊”那神秘莫测的样貌吸引了无数勇敢者的目光，人们将那些深入探查深渊的人称为“探窟家”。孤儿莉可住在一个建于深渊边缘的小镇奥斯，她怀揣着成为像母亲莱萨那样伟大的探窟家的梦想。某天，莉可在母亲留下的白笛中找到了一个失忆机器人雷格，为了寻找记忆，雷格决定与莉可同行。他们一起深入第四层深渊，面对穿珠毒虫的侵蚀，最终被娜娜奇所救。娜娜奇加入她们后，三人继续向第五层彭多尔多所在之处前进，在此遇见了自称普鲁修卡的女孩。原来她是在惨剧终末的抚养下长大的，对外界一无所知。普鲁修卡对莉可的故事充满好奇，并渴望与其一同冒险，但不幸的是被彭多尔多利用进行实验。最终，普鲁修卡通过改变形体，化身为莉可的白笛，与她一起踏上前往第六层“不归之都”的旅程，在那里她们将揭开更多关于深渊的秘密。
