《妄想学生会 第二季》的故事发生在一所名为私立樱才学园的女子高中。在社会潮流的影响下，学校决定接纳男生入学，第一年只有二十八名男生加入。他们必须面对来自五百二十四位“如狼似虎”的女生们的挑战。津田隆利（由浅沼晋太郎配音）就是这二十八名新生之一，他意外加入了学生会。在这个充满挑战和趣味的环境中，与三位性格鲜明的学生会成员结下了不解之缘。作为学生会长，天草筱（日笠阳子配音）虽然外表端庄秀丽，但内心拥有超乎常人的脑洞和妄想能力；七条天空（佐藤聪美配音）则是一个成熟可靠、直率坦诚的女孩，偶尔会语出惊人；荻村铃（矢作纱友里配音）则是智商高超，但却像小学生一样的傲娇性格。在三位个性迥异的女生陪伴下，津田的校园生活变得既精彩又充满挑战。在这里，他不仅将体验到学生会特有的权力斗争和日常琐事，更将在与这三位性格各异的女孩子的互动中逐渐成长。随着故事的发展，他们之间的友情和默契也将愈发深厚，共同面对各种趣事、难题以及来自学园内外的各种挑战。
