《高中舰队剧场版》的故事设定在2020年一个充满热血与梦想的海洋学校——横须贺女子海洋学校。主人公岬明乃，怀着对守护海洋安全职业“蓝色人鱼”的憧憬，被任命为航洋舰“晴风”的舰长，并带领她的队友们一起参加紧张刺激的海洋实习。在实习过程中，“晴风”班遭遇了一系列意想不到的挑战与危机：教员舰突如其来的发炮、与其他失控学生舰之间的激烈战斗以及紧急救援行动。尽管困难重重，她们仍然齐心协力，成功克服了每一个难关，并在归来之际建立了深厚的友谊。然而，在经历了一段平静期后，“晴风”班却突然面临解散的威胁。明乃和她的队友们面对这一危机，在不断动摇的同时，最终团结起来，不仅阻止了解体的发生，还进一步加深了彼此之间的羁绊。随后，“晴风”解体危机过后三个月，横须贺女子海洋学校迎来了一个特别的日子——“竞斗游戏会”。这是一个汇聚吴、舞鹤、佐世保等分校女生的盛大庆典，在此期间，各个班级都准备了自己的精彩节目。面对前所未有的挑战与机会，晴风班成员们再次并肩作战，共同迎接更加激动人心的冒险与挑战。这部作品通过紧张刺激的情节和感人的友谊故事，展现了“蓝色人鱼”们对海洋的热爱以及不屈不挠的精神，为观众呈现了一场充满激情与梦想的海洋冒险。
