在2013年，动画《暗杀教室：修学旅行篇》继续讲述了原作中紧张刺激的故事。一年前，一个神秘且强大的生物突然出现，将月球表面70%的物质蒸发，并威胁要在次年的三月份摧毁地球。面对这个恐怖的敌人，各国政府投入了大量资源和最先进的武器进行反击，但都未能取得实质性的进展。就在人类陷入绝望之际，这位“杀老师”——原名不详、代号CQ-9226351，竟意外地出现在椚丘中学，并成为了3年E班的授课教师。而以潮田渚（东山奈央配音）和赤羽业（冈本信彦配音）为首的高中生们，决心揭开“杀老师”的真实身份并将其消灭。就在“杀老师”表面的温和与学生们逐渐建立起信任关系的同时，他们并没有放弃暗杀的目标。正当京都修学旅行来临之际，少男少女们纷纷组队踏上旅程，寻找实施计划的最佳时机和方法。然而，这位神秘生物的速度达到了惊人的20马赫，“杀老师”的每一次移动都成为了不可逾越的障碍。在旅途中，学生们不仅得面对“杀老师”可能带来的危机，还必须克服彼此之间的矛盾与误解，共同成长。最终，在修学旅行的过程中，“杀老师”和学生们之间会发生怎样的故事？暗杀计划又将如何展开？一切的答案都在这部充满悬念的作品中等待揭晓。
