在近未来的东京，表面上繁华却已陷入毁灭边缘的城市中，大范围的地盘下沉引发了一个巨大的“穴”。这背后隐藏着一连串令人发指的凶杀案，受害者是当地185个家庭，案件现场没有任何线索，且凶手的行为似乎超越了人类的能力。这一切都与一个名为“ドゥルジ之箱”的禁忌遗物和一位神秘老人有关。五年后的涩谷再次爆发新的案件，警方起初认为是一起吸毒者引发的狂暴事件，但当警察赶到现场时，却目睹了正在施暴的妖兽。此时，一支特殊的机动搜查队2课，即特殊公安部（简称“特公”），队员六条樱等人挺身而出，用她们的太刀对抗妖兽。为了查明5年前町田惨案的真相并阻止东京的毁灭，唯一幸存者申道兰丸加入了警察队伍。随着案件的深入，他逐渐揭开了一系列令人震惊的秘密：日本将在两年内面临彻底覆灭的命运。面对这种严峻局势，申道决心投入与妖兽斗争的艰难战斗之中，希望在末日来临之前为城市带来一线生机。
