《暗夜第六感2041》是一部充满神秘与惊悚元素的科幻动漫。故事讲述了雾原直人和弟弟雾原直也这对超能力兄弟的命运。哥哥直人拥有强大的“念动力”，而弟弟直也有着敏锐的“读心术”和预知未来的能力。两人自幼被从家庭中带走，被研究所抚养了15年，直到岬老人去世后结界消失，才得以逃离。直人带着直也来到了充满未知与挑战的世界。在新的世界里，兄弟俩不仅要面对外界的各种考验，还要应对自己超能力带来的麻烦和危险。“变革”是指他们需要适应这个世界的规则，并寻找回到正常生活的方法。而神秘少女双海翔子的出现，则为他们的旅途增添了更多的变数。直人温柔且关心弟弟的态度，使这对兄弟能够在逆境中彼此扶持。与此同时，“美崎”是另一个关键角色，她与双海翔子之间存在着某种复杂的关系，背后隐藏着不为人知的秘密。随着剧情的发展，兄弟俩逐渐揭开了研究所背后的真相，以及“变革”的真正含义——这不仅仅是一次逃亡之旅，更是一场寻找真相的冒险。
