1999年，由于数码世界的资料异常增生，导致两个世界之间的连接出现紊乱。这一异常现象在地球上表现为一系列奇怪的自然现象：东南亚干旱、池塘干涸；中东却遭遇连场大雨引发洪水；而美国则经历有史以来最寒冷的冬天。面对这种突如其来的变化，一群孩子们的命运因此交织在一起。其中，11岁的八神太一和他的伙伴们——石田大和、武之内空、泉光子郎、太刀川美美以及城户丈参加了夏令营活动。一次偶然的机会，他们被神秘地送入了一个色彩斑斓的数码世界。在这里，他们获得了被称为“数码宝贝”的搭档，并与这些神奇生物建立了深厚的情感纽带。在探索数码世界的旅途中，八神太一和他的伙伴们遇到了凶恶的贝壳兽，眼看情况危急之时，太一的亚古兽突然进化为暴龙兽，成功解救了大家。这一神奇的经历揭开了进化之谜，也让他们逐渐了解数码世界的真实面貌。随着一系列精彩的冒险展开，他们不仅要探索这个未知的世界，还要解开关于两个世界的种种谜团。
