《机动战士高达：铁血的奥尔芬斯》第二季的故事在第一季的基础上继续展开。300年前的“厄祭战”结束后，地球圈逐渐形成了新的统治体系，并迎来了短暂和平。然而火星圈却因内部矛盾再次燃起战火。故事聚焦于少年三日月·奥古斯及其同伴们，在地球势力统治下的火星都市中执行护卫任务的过程中，揭开了背后的复杂真相。在一次执行任务时，他们意外卷入了武力组织加拉尔霍恩的袭击，原本打算利用孩子们作为诱饵来消灭反抗力量。然而，少年们的领袖奥尔加大校却看到了这背后的机会，并决定带领大家反叛。三日月凭借被克律塞安保公司（CGS）当作动力炉使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯天狼型，迎战敌军。随着故事的发展，古荻莉亚设立的阿德莫斯商会也在努力推进火星经济独立，而铁华团则在地球设立了支部。在这个过程中，他们不仅要面对外部势力的威胁，还要应对内部成员对于新道路的不同看法与挑战。第二季将揭示更多关于这群青少年如何在新的世界中生存、斗争，并最终为自己的理想奋斗的故事。
