《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》的故事发生在2012年。御门千早，一位外表端庄、才华横溢的女孩，却因父亲外交官身份所涉的不被理解的行为而陷入男性不信的心理困境。这种情感上的困扰逐渐蔓延至她的学校生活，最终导致她产生了严重的登校恐惧症。母亲妙子无奈之下，决定让千早暂时女装转学到曾就读过的圣应女学院，并以“妃宫千早”的身份开始了新的校园生活。在这个新环境中，千早与旧识薰子重逢，两人一同住在学校宿舍里。随着时间的推移，千早那迷人的外貌和优雅的行为逐渐吸引了周围同学的目光，让她成为了众人关注的焦点。与此同时，她与薰子之间的感情也在这一过程中愈发深厚，交织出一段温馨而又充满挑战的故事。这段旅程不仅让千早重新找到了自我价值，也让她更加深刻地理解了爱情与信任的意义。《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》通过细腻的情感描绘和丰富的情节发展，为观众呈现了一段美丽而动人的青春故事。
