《我的小马驹：友谊大魔法 第二季》延续了前一季的故事线，讲述了暮光闪闪（TwilightSparkle）在导师塞拉斯提娅公主的指引下，带着斯穗龙来到了充满奇幻与友情的小马镇。在这里，她结识了一群性格各异但都拥有珍贵品质的小马朋友们：苹果杰克、瑞瑞、小蝶、云宝黛西和碧琪。暮光闪闪的任务是通过学习各种友谊魔法，理解每种美德的本质，并最终完成导师交给她的任务——在和谐水晶（ElementsofHarmony）中寻找力量。每个朋友代表了不同层面的友谊之元素：苹果杰克的勤劳、瑞瑞的优雅、小蝶的善良、云宝黛西的速度和碧琪的热情。在这个过程中，她们一起经历了许多有趣而充满挑战的事情。第二季的故事更加深入地探索了友谊的不同方面，并通过一系列冒险与考验，让朋友们之间的纽带变得更加坚固。最终，在大家齐心协力之下，暮光闪闪不仅学会了如何运用这些魔法来解决问题，也深刻理解了“真正的朋友”对彼此的重要性。
