在第二次新吉恩战争结束后的三年里，即宇宙世纪0096年，地球圈暂时迎来了和平。然而，在工业殖民地“工业7号”上却隐藏着一场秘密的交易。据传，被怀疑为地球联邦政府背后操控的“比斯特财团”，正在与新吉恩残余势力“袖付”进行交涉，目的是将最高机密——“拉普拉斯之箱”的控制权转移给后者。与此同时，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯意外结识了一名自称奥黛丽·本的少女。然而真实身份却是旧吉恩公国次子多兹鲁·扎比的女儿，美耐巴·扎比。奥黛丽的目标是阻止新的战争爆发，并因此组织了“拉普拉斯之箱”的秘密交易。在这场交易过程中，巴纳吉逐渐被奥黛丽的魅力所吸引，多次协助她躲避追捕和危险。然而，在一系列复杂的事件之后，地球联邦政府最终察觉到了这场交易的存在并采取军事行动干预，导致工业殖民地陷入了混乱与大火之中。为了寻找奥黛丽并与之重逢，巴纳吉不得不在混乱中四处避难。在此期间，奄奄一息的卡迪阿斯·比斯特出现，并将自己出生的秘密以及“机动战士高达独角兽”作为箱之钥匙托付给巴纳吉。随着这一关键物证落入巴纳吉手中，“拉普拉斯之箱”的秘密及其中所藏的巨大危机开始逐渐浮出水面，一场围绕这神秘武器的战争即将拉开帷幕……
