在《果宝特攻2》的故事中，三剑客成功拯救了水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利时误伤到了至关重要的七色彩莲。为了保护彩莲，东方求败接受了人类世界的忍术和其他技术，但这也使他成为了拐带水果们的帮凶之一。方丈与果姥上山探望东方求败，却发现其中有不轨之举，他们为了避免三剑客卷入其中，决定装疯扮傻，并诈死来分散三剑客的注意力。三剑客最终被误认为背叛了团队，被迫离开花果山，但他们并未放弃正义的使命。在小果叮的帮助下，三剑客重拾斗志，开始寻找莲珠以恢复实力。他们历经重重困难，在失败中不断成长，并获得了新的技能和必杀技。与此同时，女特攻们也自强不息，创出新招数，帮助三位剑客应对挑战。最终，各方力量在花果山汇合，迎战真正的幕后黑手——外来人类龟太公。面对实力悬殊的敌人，众人突破自我，进化成黄金7合体，与龟太公展开最终决战。在这场生死较量中，方丈和果姥及时出手，联手2代特攻共同抵御强敌。经过艰苦卓绝的努力，三剑客终于赢得了胜利，但这也只是暂时的和平。真正的敌人隐藏在更深的秘密之中，留给未来的战斗未完待续。
