1949年，随着解放军和平解放新疆，新疆军区正式成立，甘祖昌担任后勤部副部长。在这一时期，敌特组织支持投机倒把分子企图扰乱市场秩序，大肆垄断黄金银圆，妄图从经济上困住解放军。为稳定市场和政局，甘祖昌采取措施，以低价投入银圆于流通市场，成功打击了奸商的嚣张气焰，并最终平息了敌特的图谋。1955年，甘祖昌被授予少将军衔，而他的同村战友李保山则因违纪被解职并返回家乡。不幸的是，在一次公务中，甘祖昌遭遇车祸，头部重伤，留下严重的后遗症。面对身体上的伤痛和对军队高层的不适感，他主动提出辞职，并选择回到家乡江西莲花县沿背村。回到乡村之后，甘祖昌不辞辛劳，致力于改善农民的生活条件与经济环境。他克服重重困难，积极修整水旱田、修建水库，创建公社农科所等项目，这些举措极大地促进了当地农业的发展和农民生活水平的提高。甘祖昌的选择体现了他淡泊名利、无私奉献的精神，成为后世领导干部和广大民众学习的典范。
