1948年的北平，国民党稽查处副官周伯勋与医院护士林倩如一见钟情。然而，林倩如内心却隐藏着秘密：她表弟焦志新一直深爱着她。1948年末，国民党军统为了在解放前夕完成对北平名胜古迹的布局图纸绘制，将李正亭教授和焦志新严密看守。李教授为保护图纸英勇牺牲，而焦志新却被误杀。然而，他死里逃生，却发现自己精心保存的图纸不翼而飞。就在焦志新四处寻找时，他发现周伯勋与林倩如关系密切。这一发现点燃了焦志新的复仇之火，他决定对周伯勋进行暗杀行动。在一次交锋中，焦志新击倒了周伯勋，但自己也被陌生女子苏小雅救走，得以逃脱。时间来到1950年，国庆节前夕，我公安机关收到潜入敌人内部的情报员“猫头鹰”的消息：国民党军统计划利用丢失的“秘密图纸”制造爆炸事件。焦志新迅速行动，联合“猫头鹰”，与敌展开了一场分秒必争、生死攸关的较量。《密令1949》是一部充满悬念与情感纠葛的剧集，讲述了一段跨越敌我之间的复杂关系和使命抉择的故事。在正义与邪恶交织的历史背景下，焦志新为了保护国家安全，与周伯勋等敌人展开了一场紧张刺激的较量。
